清洁发展机制的设立具有双重目的：促进发展中国家的可持续发展和为实现公约的最终目标做出贡献；协助发达国家缔约方实现其在《京都议定书》第三条之下量化的温室气体减限排承诺。通过参与清洁发展机制项目，发达国家的政府可以获得项目产生的全部或者部分经核证的减排量，并用于履行其在《京都议定书》下的温室气体减限排义务。
对于发达国家的企业而言，获得的CERs可以用于履行其在国内的温室气体减限排义务，也可以在相关的市场上出售获得经济收益。由于获得CERs的成本远低于其采取国内减排行动的成本，发达国家政府和企业通过参加清洁发展机制项目可以大幅度降低其实现减排义务的经济成本。
对于发展中国家而言，通过参加清洁发展机制项目合作可以获得额外的资金和/或先进的环境友好技术，从而可以促进本国的可持续发展。
因此，清洁发展机制是一种“双赢”的机制。
清洁发展机制合作也可以降低全球实现温室气体减排的总体经济成本。参与清洁发展机制合作对项目业主的意义: 自从第七次缔约方会议确定了清洁发展机制的基本国际规则以后，国际社会对于开展清洁发展机制项目合作的热情越来越高。
企业界和投资者之所以如此积极，吸引他们的自然是清洁发展机制项目可以带来的较大的预期收益。
发达国家的企业在其国内面临着一定的温室气体减排义务，且在国内采取减排措施的成本较高。对于发达国家的政府而言，面临着与企业界一样的挑战，参与清洁发展机制项目也是出于节约经济成本的目的。
当然，也有的企业和中介机构之所以参加清洁发展机制市场活动，是希望未来可以将自己获得的CERs以更高的价格出售，从而赚取利润。
对于发展中国家的企业和政府而言，通过参加清洁发展机制项目合作，可以获得出售CERs所获得的经济收益，并且促进本国的可持续发展，包括改善环境、增加就业和收入、改善能源结构、促进技术发展等多个方面。
分析表明，出售项目产生的减排量而获得的碳融资对不同类型项目经济效益的影响差别很大。碳融资对于那些减排全球温升潜力较大的温室气体(如CH4，N20，HFCs)的项目经济性的影响最大，可以有效改善此类项目的经济收益。 但是，N2O，HFCs类项目面临的一个最主要问题是它们没有明显促进可持续发展的效益。如果不能很好的进行监测，碳融资的介入有可能反而刺激此类项目生产更多的副产品，而偏离项目最初的目的。
实际上，中国政府对待此类项目的态度目前还不是很明确，但可以肯定的是，它们不是中国清洁发展机制项目合作的优先领域。 CH4的全球温升潜力值比较高，为21，而且垃圾填埋气回收利用类项目具有很好的促进可持续发展的效果，因此CH4回收利用类项目在目前的国际碳市场中占据了比较大的份额。根据世界银行的统计，从2003年到2004年5月，以减排额的交易量统计，垃圾填埋气回收利用类项目占总量的18％，仅次于HFC类项目的交易量。
开发清洁发展机制项目需关注的一些关键问题: 在识别潜在清洁发展机制项目的时候，项目建议者需要考虑一系列的问题，包括项目的合格性、投资模式、交易成本和风险。项目总体可行性研究包括了对上述问题的评价，但可行性研究还需要考虑清洁发展机制下的项目合格性、增量成本和预期通过清洁发展机制获得的收益。
一、合格性: 在识别清洁发展机制项目的时候，项目参与者需要首先考虑的就是该清洁发展机制项目潜在的合格性问题。这包括两个层面的合格性：首先，项目是否可以产生温室气体减排效益，从而满足国际层面的要求；其次，该项目的一系列重要安排能否满足项目参与国政府，尤其是东道国政府的特定要求。不同东道国对清洁发展机制项目的要求可能有很大的差异。
根据中国政府已经公布的“清洁发展机制项目运行管理暂行办法”，中国对清洁发展机制项目的主要额外要求体现在如下方面： (1)项目开发者的参与资格问题，即只有中国境内的中资或者中资控股企业可以与外方合作开发清洁发展机制项目； (2)发达国家用于清洁发展机制项目的公共资金应该额外于目前的官方发展援助和其在公约下的资金义务； (3)项目应符合中国的法律法规和可持续发展战略、政策以及国民经济和社会发展计划的总体要求； (4)项目因转让温室气体减排量所获得的收益归中国政府和实施项目的企业所有，分配比例由中国政府确定，确定前归该企业所有。 企业在项目识别和设计中应该逐条检查自己的项目，确保这些要求得到满足。否则，在后续的项目批准过程中，有可能不是很顺利。当然，中国政府也可能随着具体项目实践的增加对这些规定进行修订，因此，企业应该随时关注国家政策的变化。
二、项目模式: 一般而言，清洁发展机制项目的开发有三种模式：
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